Et påskeæg i traileren Captain Marvel bekræfter, at filmen vil involvere The Avengers 'Project PEGASUS - et subtilt slips til Infinity Stones. Kaptajn Marvel ser ud til at tjene som en forhåndsgang til hele Avengers-franchisen og afslører et aldrig før set set tidligt eventyr af Nick Fury og Phil Coulson. Det ser ud til at vise netop, hvorfor Fury blev en tro på superhelte, med kaptajn Marvel tjente som inspiration til hele Avengers-initiativet. Men det ser ud til, at forbindelserne måske kører meget dybere end det.
Projekt PEGASUS løftes lige fra tegneserierne, hvor det blev forestillet som en videnskabelig base i Adirondack-bjergene. Det var oprindeligt beregnet til at føre tilsyn med forskning på alternative energiformer, men det blev gradvist et center for nogle af verdens mest avancerede teknologi. MCU-versionen blev første gang henvist til i Iron Man 2, som afslørede, at Howard Stark havde været involveret i projektet forud for hans død i 1991. Den blev endelig set på storskærmen i The Avengers i 2012, da Loki infiltrerede sin facilitet i Mojave-ørkenen.
Den anden trailer med Captain Marvel har endelig bekræftet, at Project PEGASUS vises i filmen. En scene i traileren ser Nick Fury og Carol Danvers stjæle en Quinjet - en med et PEGASUS-logo på vingen. Det ser ud til, at Fury har taget kaptajn Marvel til en PEGASUS-base, hvilket giver mening; Kaptajn Marvel-teaseren viste en Quinjet, der flyver ud i rummet, og selv moderne Quinjets har ikke denne kapacitet. Men en PEGASUS Quinjet - sandsynligvis et sjældnere design, bygget som et resultat af et partnerskab mellem SHIELD og NASA - kunne godt være i stand til at gøre det.
PEGASUS-referencen er imidlertid vigtig af en anden grund. Det er vigtigt at huske, at PEGASUS-basen i Mojave-ørkenen i The Avengers var det sted, hvor SHIELD undersøgte kraften i Tesseract. I betragtning af at Mojave-ørkenen primært ligger i det sydlige Californien, og kaptajn Marvel finder sted i Los Angeles (mens du er på jorden), er det meget sandsynligt, at dette er den samme facilitet. Space Stone blev hentet af Howard Stark en gang før hans død; han plejede at arbejde med PEGASUS, så det er muligt, at han studerede Tesseract der, og at det forblev på Mojave-ørkenen, indtil Lokis ankomst i The Avengers-filmen.
Det er interessant at bemærke, at Ben Mendelsohns kaptajn Marvel-karakter Talos, krigslederen i Skrull, der har brugt sine formskiftende kræfter til at infiltrere SHIELD, ser ud til at lede et sikkerhedsteam på PEGASUS-basen. Er dette bare en tilfældighed - eller har Skrulls målrettet denne specifikke installation af en grund? Tesseract kan faktisk være en vigtig del af Captain Marvel's plot; måske har kranierne lært, at rumstenen er på jorden, og at deres hele invasion virkelig er et forsøg på at erhverve den. Der er en tegneserie-præcedens for denne idé; i 2007's Secret Invasion-begivenhed fokuserede Skrulls en fænomenal indsats på at fange den avancerede teknologi, der blev holdt på PEGASUS, og de kunne have det samme motiv her. Hvis dette virkelig er tilfældet, og hvis Tesseract spiller en rolle i denne film, er Captain Marvel ikke bare en prequel historie for Avengers-franchisen; det sætter stedet i stedet for hele MCU'en.
